小規模事業者持続化補助金とは?いつ入金されるか・使える経費・併用・よくある失敗【第20回対応】

どんな補助金か

小規模事業者持続化補助金は、従業員の少ない事業者が、経営計画を作って取り組む販路開拓(新しいお客さんを増やす取り組み)と、それに合わせた業務の効率化にかかる費用の一部を国が補助する制度です。チラシや看板、ホームページ、店舗の改装、新しい機械など、小さな店や会社が「売上を伸ばすため」に使う費用が幅広く対象になります。

申請には、地元の商工会または商工会議所が発行する「事業支援計画書(様式4)」が必要です。いきなり電子申請するのではなく、まず商工会・商工会議所に相談して計画を見てもらう流れになります。

第19回(2026年4月締切)は16,576件の申請に対して7,819件が採択されました。採択率はおよそ47%で、申請すればほぼ通る補助金ではありません。

対象になる事業者

• 商業・サービス業(宿泊業・娯楽業を除く):常時使用する従業員が5人以下
• サービス業のうち宿泊業・娯楽業、製造業その他:20人以下

飲食店・小売店・美容室などは「商業・サービス業」に当たるので、5人以下が条件です。会社の役員や、同居している家族の従業員は人数に数えません。パート・アルバイトは、正社員の勤務時間に換算して数えます。医療法人、社会福祉法人、一般社団法人、任意団体などは対象外です。

いくらもらえるか(計算例)

補助額は「かかった費用 × 補助率」で、上限額までです。たとえば通常枠(上限50万円・補助率2/3)なら、税抜75万円の費用をかけると50万円が補助され、自己負担は25万円です。75万円を超えて費用をかけても、補助額は50万円のままです。

インボイス特例は、免税事業者からインボイス発行事業者(適格請求書発行事業者)に登録した事業者が対象です。賃金引上げ特例は第20回から条件が変わり、従業員1人あたりの給与支給総額を年平均3.0%以上増やすことが必要になりました。比べるのは2027年4月〜2028年3月の12か月と、その前年同月の12か月です。

いつ入金されるか

持続化補助金は後払いです。採択されてもすぐにお金が入るわけではなく、先に自分のお金(または借入)で全額を支払い、事業を終えてから補助金分が戻ってくる仕組みです。第20回の流れは次のとおりです。

1. 申請:2026年12月15日まで
2. 採択発表:2027年3月頃
3. 交付決定:採択から概ね1〜2か月後。ここから先に発注・契約・支払いをしたものだけが補助の対象になります
4. 事業の実施:発注、納品、支払いまで。期限は2028年3月31日
5. 実績報告:領収書や振込の記録、写真などをまとめて提出。事業を早く終えた場合は、終わった日から30日以内(または2028年4月10日のいずれか早い日)が期限
6. 確認・確定:事務局が書類を確認し、補助金の額が確定
7. 請求・入金:確定した額を請求してから振り込まれる

目安として、事業を早く終えても入金は2027年の夏以降、期限いっぱいまで事業を続けた場合は2028年の春以降になります。補助金が入るまでの間の資金繰りは、最初に考えておく必要があります。金融機関の「つなぎ融資」を検討するのも一つの方法です。

使える経費(8種類)

• 機械装置等費:販路開拓や生産性向上のための機械・設備。古い機械をただ新しくする「取替え」は対象外
• 広報費(上限30万円):チラシ、看板、新聞・雑誌広告、DM、ネット広告、SNS広告
• ウェブサイト関連費(上限30万円):ホームページ、ネットショップ、予約・顧客管理の仕組み、アプリ
• 展示会等出展費:出展料と、それに伴う運搬費など
• 旅費:販路開拓のための電車・飛行機などの運賃、展示会の宿泊費
• 新商品開発費:試作品の材料費、パッケージのデザイン費(第20回からは、テスト販売や市場調査の結果を踏まえたものに限る)
• 借料:事業に必要な機器のリース・レンタル料、PRイベントの会場費
• 委託・外注費:店舗の改装工事、バリアフリー工事、移動販売車の内装・改造など、自分ではできない業務

広報費とウェブサイト関連費は、それだけでは申請できません。たとえば「チラシだけ」「ホームページだけ」の計画は対象外で、機械や改装など他の経費と組み合わせる必要があります。また、特例で上限が上がってもこの2つの30万円の上限は変わりません。

飲食店の場合の例

• テイクアウトを始めるための店舗の一部改装(委託・外注費)と、包装機などの機械(機械装置等費)
• 新メニューの告知チラシ・看板(広報費)と、ネット予約ページの作成(ウェブサイト関連費)
• 移動販売を始めるための車の内装・改造工事(委託・外注費)。車そのものの購入は対象外です

使えない経費

• パソコン、タブレット、プリンター、電話機など、他の用途にも使えるもの
• 自動車、キッチンカー、フォークリフトなどの車両
• 家賃、敷金・保証金、光熱費、通信費、駐車場代
• 売るための商品・食材の仕入れ、名刺や文房具などの消耗品
• 人件費、役員報酬、アルバイト代
• 修理費、税理士への申告費用、セミナー受講費、飲食・接待費
• 交付決定の前に発注・契約・支払いをしたもの
• 1回10万円(税抜)を超える現金払い(銀行振込が原則)

消費税は、免税事業者・簡易課税事業者・2割特例を使っている事業者を除いて補助の対象になりません。計算は税抜の金額で考えるのが基本です。

他の補助金と一緒に使えるか(併用)

公募要領では、同じ取り組みについて、国の他の補助金と重ねて受け取ることはできないとされています。国が助成する他の制度と同じ・似た内容の事業は対象外で、国の制度を使って支払った経費も対象外です。

• 同じ経費を2つの補助金に出すことはできません。1台の機械の代金を2つの補助金に分けて充てるような使い方も、重複とみなされるおそれがあります
• 市区町村の補助金でも、お金の出どころが国の場合は「国の制度」と同じ扱いになることがあります
• 別の経費で別の補助金を使う場合でも、必ず両方の事務局に前もって確認するよう求められています
• 持続化補助金の創業型と一般型は同時に申請できません。重複して申請すると、すべて不採択になります
• 以前に持続化補助金で採択された事業者は、次に申請できるまでの期間が決まっています。第20回では、その待機期間が以前より長くなっています

重複が後でわかると、補助金の返還に加えて、年10.95%の加算金を求められることがあります。迷ったら申請前に問い合わせるのが確実です。

よくある失敗

1. 交付決定の前に発注してしまう:採択の通知が来ても、交付決定の前の発注・契約・支払いは補助されません。「採択されたからもう大丈夫」と業者に頼むのが一番多い失敗です
2. 商工会・商工会議所に行くのが遅い:様式4の発行受付は12月4日まで(申請締切の11日前)で、これを過ぎると理由を問わず発行されません。計画書を見てもらう時間も考えると、11月中に相談するのが目安です
3. GビズIDプライムを取っていない:電子申請に必要で、取得に数週間かかることがあります。申請を考えたら最初に申し込んでおきます
4. チラシやホームページだけで申請する:広報費・ウェブサイト関連費は単独では申請できず、上限もそれぞれ30万円です
5. 50万円を超える発注で見積を1社しか取らない:第20回から、税込50万円を超える発注は2社以上の見積が必要になりました(以前は100万円超)。中古品は金額にかかわらず2社以上です
6. 賃金引上げ特例を選んで条件を満たせない:補助金が全額なくなります
7. 加点を3つ以上選ぶ:選べるのは「重点政策加点」から1つと「政策加点」から1つの合計2つまで。超えると加点がすべて無効になります
8. 売上がどう増えるかを書いていない:第20回から、事業によって売上高・売上総利益が増える見込みであることが求められます。「何をするか」だけでなく「それでどれだけ売上が伸びるか」を数字で書きます
9. 現金で払ってしまう:1回10万円(税抜)を超える現金払いは対象外です。支払いは銀行振込にし、記録を残します
10. パスワード付きのファイルを添付する:中身が確認できず、審査されません

申請までにやること

1. GビズIDプライムを申し込む
2. 地元の商工会・商工会議所に連絡し、相談の日程を取る(自分の店がどちらの地区かで、申請先の事務局も変わります)
3. 何にいくら使うか決め、見積書を取る(税込50万円超は2社以上)
4. 経営計画書・補助事業計画書を作り、商工会・商工会議所に見てもらって様式4を発行してもらう(12月4日まで)
5. 電子申請する(12月15日17:00まで)